علامه جعفری، فلسفه را نه دانشی انتزاعی، بلکه دانشی انسان‌ساز می‌دانست، از نظر او، هدف نهایی فلسفه باید کشف حقیقت هستی و هدایت انسان در مسیر کمال باشد، وی در عین پایبندی به حکمت متعالیهٔ صدرالمتألهین، بر عقلانیت تجربی و گفت‌وگو با فلسفهٔ غرب نیز تأکید داشت.

همچنین علامه جعفری آشنایی عمیقی با اندیشه‌های فیلسوفان غربی مانند دکارت، کانت، نیچه و راسل داشت، او در آثارش کوشید تا با تحلیل انتقادی اندیشه‌های آنان، گفت‌وگویی میان فلسفهٔ اسلامی و فلسفهٔ جدید برقرار کند.

به باور او، فلسفهٔ غرب در شناخت «انسان به عنوان موجودی معنوی» ناکام مانده، زیرا بیش از حد به عقل ابزاری و تجربهٔ حسی تکیه دارد.

فلسفهٔ علامه جعفری، فلسفه‌ای انسان‌محور، اخلاق‌گرا و الهی است که می‌کوشد میان علم، دین و عقلانیت پیوندی عمیق برقرار کند، او با تأکید بر «حیات معقول» و ارزش‌های فطری، الگویی برای تمدن انسانی و اسلامی ارائه می‌دهد که در برابر بحران معنویت و اخلاق در جهان امروز، پاسخی ژرف و سازنده است.

۲۵ آبان سالروز درگذشت و روز بزرگداشت علامه جعفری است که این روز فرصت خوبی برای شناخت و تبیین آثار، اهداف، سبک زندگی، رساله و ارزش های این عالم ربانی است.