یوهانسون فوتبال خود را از باشگاه معروف زادگاهش، مالمو، آغاز کرد و در سال ۲۰۱۵ به تیم اصلی این باشگاه رسید. او در مجموع دو فصل، دو مرتبه برای مالمو به میدان رفت و در سال ۲۰۱۷ با قراردادی قرضی به مدت دو سال به تیم ترلبورگ پیوست. در این تیم، در ۳۷ مسابقه موفق به ثبت ۹ کلین‌شیت شد و در فصل بعدی نیز در ۲۹ بازی یک کلین‌شیت دیگر به نام خود ثبت کرد.

پس از آن، یوهانسون ۲۹ مرتبه برای تیم گوتبورگ به میدان رفت و هفت بار موفق به بسته نگه داشتن دروازه‌اش شد. او همچنین در تیم میالبی ۱۰ بازی انجام داد و سه کلین‌شیت به ثبت رساند. مارکو در بازگشت به مالمو، در ۳۲ بازی موفق به ثبت ۹ کلین‌شیت شد و در سال ۲۰۲۱ با مبلغی حدود ۶۰۰ هزار یورو به هامبورگ منتقل شد. اما در این تیم تنها در هفت بازی به میدان رفت و دو کلین‌شیت به ثبت رساند.

یوهانسون در انتقال‌های قرضی به مقاصدی موقت نیز رفت و در این انتقال‌ها، صفر بازی در بوخوم، ۱۱ بازی و دو کلین‌شیت در هالمشتات سوئد و صفر بازی در هانزاروستوک را به ثبت رساند. در سال ۲۰۲۴، او به آینتراخت براونشوایگ در بوندسلیگا دو ملحق شد و در ۱۱ بازی موفق به ثبت سه کلین‌شیت شد.

جالب است بدانید، مارکو که به دلیل محرومیت علیرضا بیرانوند به عنوان جانشین او در تراکتور معرفی شده؛ در دوران حضورش در هالمشتات، یوهانسون با یک محرومیت سنگین از طرف فدراسیون فوتبال سوئد مواجه شده است. این ماجرا به تساوی ۱-۱ برابر آیک در استادیوم فرندز برمی‌گردد. جایی که او در تلاش برای جلوگیری از شروع سریع بازی، وارد درگیری شد و با حرکت پای خود، بازیکن حریف را سرنگون کرد. این رفتار منجر به اخراج یوهانسون و درگیری گسترده‌ای در زمین شد.

به گزارش با خیش  فدراسیون فوتبال سوئد پس از بررسی گزارش‌ها، این خطای سنگین را مستحق محرومیتی فراتر از اخراج دانست و به همین دلیل، علاوه بر آن، یوهانسون به سه جلسه محرومیت محکوم شد و بازی پایانی فصل برابر هاماربی را از دست داد.

مارکو یوهانسون پس از جدایی از مالمو در سال ۲۰۲۵، به عنوان بازیکن آزاد به تراکتور پیوسته و اکنون به عنوان جانشین علیرضا بیرانوند در این تیم معرفی شده است.